На третий день около 13:05 в школе произошли взрывы и возник пожар. После этого заложники начали выбегать из здания, и федеральные силы предприняли штурм. Во время хаотичной перестрелки, в том числе с участием гражданских лиц, пользовавшихся личным оружием, убито 27 террористов. Единственный пойманный живым боевик Нур-Паши Кулаев был арестован и впоследствии приговорён судом к пожизненному заключению. В результате теракта погибли 333 человека, из них 186 детей, свыше 800
жителей были ранены.