Храм, расположенный на берегу реки Орлик, передали Орловской епархии в 1993 году. Ранее в нём размещался Театр кукол.
 

Богоявленский собор является старейшим каменным зданием областного центра, единственной сохранившейся постройкой исторического ядра города, где когда-то стояла Орловская крепость.

В XVIII-XIX вв. соборная колокольня была высочайшим зданием Орла, но её пришлось снести в 1900 году, поскольку она стояла, изменив немного своё вертикальное положение. В 1997-1998 гг. рядом с церковью возвели надкладезную часовню «Во имя Всех Святых». В конце 2015 года было завершено воссоздание колокольни собора, и Богоявленский храм вновь обрёл завершённый облик.